Темная Долина заслуженно пользовалась дурной славой. Пси-монстр, обитающий в глубинах Лаборатории X-16, неумолимо сводит с ума всех, кто рискует в ней поселиться. Поэтому сталкеру Ботанику, пережившему когда-то в Зоне Первый выброс 2006 года, пришлось таки бросить своих стремительно звереющих товарищей.
Только время для бегства он выбрал неудачное: в те же дни военные проводят тотальную зачистку Зоны, а ученые — эксперимент над Монолитом, благодаря чему и без того неспокойная Зона превращается в сущий ад.
А герою, как назло, попали в руки ключи от той самой Лаборатории. Ясно, что он становится объектом охоты и для бывших коллег, и для секретных служб, и для наемников… Только сталкеры «Свободы» готовы ему помочь, но при одном условии — он должен помочь им раскрыть тайну Лаборатории и обитающего в ней монстра.
В итоге, чтобы вернуться живым за Периметр, Ботаник вынужден совершить последний выход: скрыться от наемных убийц, дважды пройти через смертельно опасное подземелье и беснующуюся Припять, а в самом конце — еще и сбежать из-под расстрела…